Beräkningsförutsägelse och experimentell validering av esofaguscancer associerade neoantigener

Matstrupscancer (EC) är den vanliga maligna tumören med dålig överlevnad. Den långsiktiga överlevnaden för patienter med avancerade EC-stadier har inte förbättrats med multidisciplinära behandlingar inklusive kirurgi och kemoterapi och strålning. Nyligen har immunterapimetoder med hjälp av checkpoint-hämmare (CPI), cancervaccin och adoptiv T-cellsterapi förbättrat överlevnadsresultaten för EC-patienter. De kliniska resultaten är associerade med uttrycksnivåer såväl som immunogeniciteten hos neoantigener som uppstår från somamutationer. Därför är identifieringen av immunogena neoantigener väsentlig för att uppnå effektiva terapier. Nya data publicerade av Tumor Neoantigen Selection Alliance (TESLA) visar att majoriteten (98%) av förutsagda neoantigener är bristande immunogenicitet och ineffektiva för att aktivera antitumörimmunsvar. I vår studie siktar vi på att utveckla en pipeline med både beräkningsförutsägelseverktyg och experimentella valideringsanalyser för att förbättra noggrannheten för identifiering av neoantigen.