Interakce patogen-mikrobiom během infekce Helicobacter pylori (PREDICTHP)

Helicobacter pylori kolonizuje žaludek asi poloviny světové populace, včetně asi 20–30 % dospělých v Německu. V některých případech může toto osídlení vést k chronickému zánětu žaludeční sliznice, který může vést k různým závažným onemocněním jako je vředová choroba a rakovina žaludku. V literatuře bylo několikrát uvedeno, že infekce Helicobacter pylori negativně ovlivňuje lidskou střevní flóru a může vést k mikrobiální nerovnováze (dysbióze). Nedávné studie, většinou z myších modelů, odhalují nové role a interakce mikrobiomu: imunitní reakce hostitele může ovlivnit bakteriální aktivitu; bakteriální metabolity mohou určovat funkce mikrobiomu. Rozdíly v mikrobiomu byly nalezeny také mezi pacienty infikovanými Helicobacter pylori a byly spojeny s úspěchem léčby. Na druhou stranu prospěšná mikrobiální symbióza může zabránit střevním zánětům. Důvody těchto rozdílů v mikrobiomu pacientů infikovaných Helicobacter pylori, které mohou také přispívat k selhání léčby, zbývá prozkoumat. Tento projekt si proto klade za cíl prozkoumat, jak Helicobacter pylori ovlivňuje bakterie a houby v lidském gastrointestinálním mikrobiomu a jak může domnělá mikrobiální nerovnováha ovlivnit úspěšnost léčby. V tomto projektu se vyšetřovatelé snaží odpovědět na otázku, jak tyto nově objevené mechanismy mění průběh lidské infekce H. pylori. Vyšetřovatelé budou analyzovat samotný H. pylori u kolonizovaných pacientů a asymptomatických jedinců (celogenomové sekvenování), určit imunitní odpověď přenašeče (exprese RNA v lymfocytech) a složení střevního mikrobiomu (sekvenování DNA) a aktivitu (exprese RNA v bakterie/houby a identifikace metabolitů). Pomocí bioinformatických přístupů, zejména strojového učení, vyšetřovatelé určí parametry, které předpovídají progresi onemocnění a úspěšnost eradikace. Výsledky poskytnou důležitou podporu při rozhodování pro pacienty infikované H. pylori.