Genomien lokusten tunnistaminen, jotka määrittävät alttiuden korkean likinäköisyyden kehittymiselle (ASSOMYP)

Likinäköisyys on maailmanlaajuinen taittuva silmäsairaus, ja se on yleisin ihmisen näköhäiriö. Se on vastuussa suuresta terveysongelmasta, joka vaikuttaa noin 25 prosenttiin läntisestä väestöstä. Korkea likinäköisyys on likinäköisyysspektrin vakavin muoto, ja se määritellään taitevirheen lisääntymisenä yli -5 dioptrian. Noin 2,5 % väestöstä kärsii tästä, kun taas toissijaiset komplikaatiot ovat näiden potilaiden joukossa vastuussa neljännestä laillisen sokeuden syystä. Myopian fysiopatologia on edelleen tuntematon ja sairauteen johtavat mekanismit ovat todennäköisesti monimutkaisia, ja niissä sekoittuvat hankitut ympäristö- ja geneettiset tekijät. Tiimimme aiemmassa tutkimuksessa keräsi ja analysoi tärkeän sarjan likinäköisiä perheitä: Periytyvyys-, segregaatio- ja kytkentäanalyysit, jotka mallintavat siirtomuotoa, paikallistivat kaksi suurta genomista aluetta, jotka liittyvät korkeaan myopiaherkkyyteen kromosomissa 7q36 ja kromosomissa 7p15. Muut ryhmät, jotka työskentelevät samaa aihetta eri ihmispopulaatioissa, ovat kuvanneet useita lokuksia. Äskettäin 55 perheen uudelleenarviointi johti monimutkaisen korkean likinäköisyyden fenotyypin erottelumallin määrittelyyn, mikä väitti oligopolygeenisen tartuntatavan. Yhdessä nämä tulokset ilmaisevat tarpeen kerätä lisää tapauksia ja korvata kytkentätutkimukset jo tehdyillä assosiaatiotutkimuksilla, jotta voidaan lisätä kykyä havaita asiaan liittyviä lokuksia.

Löytää yksi tai useampi genominen lokus, joka liittyy korkeaan myopiaherkkyyteen; polygeenistä mallia ja assosiaatioanalyysiä pidetään vertailumenetelmänä useiden, heikosti vaikuttavien lokusten osallistumisen tulkitsemiseen. Genotyypitykseen käytetään koko genomin peittäviä suuritiheyksisiä SNP-/CNV-DNA-markkereita.

Fenotyyppejä, mukaan lukien oftalmologinen arviointi, etnomaantieteellinen alkuperä ja perhetiedot, kerätään, jotta voidaan mahdollistaa lisäkerrostuminen tai klusterointi.

Assosiaatioanalyysin tilastollisen tehon laskeminen, joka suoritettiin väärien positiivisten assosiaatioiden määrän minimoimiseksi ja 80 %:n havaitsemisvoiman saamiseksi, osoitti 400 korkean likinäköisen kohteen ja 400 kontrollin analysoinnin tarpeen.

Rekrytointiongelmien ratkaisemiseksi käytetään yhteistyötä Clinical Investigation Centerin (CIC) ja silmäklinikan välillä. DNA:n uuttaminen ja genotyypitys suoritetaan Institut national de la santé et de la recherche (INSERM-UPS) -yksikössä Toulousessa käyttäen "Toulousen Génopole" -mikrosirujen genotyypityslaitteita.