Warianty genetyczne wybranych genów u pacjentów z rakiem jelita grubego.

Identyfikacja problemu: Rak jelita grubego (RJG) jest trzecim najczęściej występującym nowotworem złośliwym u ludzi, a także główną przyczyną zgonów związanych z rakiem na całym świecie. Wczesne wykrycie zmian przednowotworowych, takich jak polipy gruczolakowate, zmniejszyło ryzyko CRC; jednak przypadki, które są początkowo niewykryte i rozwijają się do zaawansowanego CRC z odległymi przerzutami, są nadal niestety nieuleczalne. Rozwój CRC jest złożonym i niejednorodnym procesem wynikającym z interakcji między wieloma czynnikami etiologicznymi, w tym czynnikami genetycznymi i czynnikami środowiskowymi, takimi jak dieta i styl życia. Wyzwania polegają na zrozumieniu molekularnych podstaw indywidualnej podatności na raka jelita grubego i określeniu czynników, które inicjują rozwój guza, napędzają jego progresję i określają jego reakcję lub oporność na środki przeciwnowotworowe. Badania genomiczne oparte na sekwencjonowaniu nowej generacji (NGS) już teraz donoszą o nowych cechach genomów nowotworów wykraczających poza tradycyjne kategorie mutacji. Niedawny postęp w technologii sekwencjonowania umożliwił kompleksowe profilowanie zmian genetycznych w CRC. Metody te ułatwiają zwiększenie wydajności i rozdzielczości wykrywania każdego z głównych typów zmian genomu raka somatycznego, w tym substytucji nukleotydów, małych insercji i delecji, kopii zmiany liczby, rearanżacje chromosomalne, sekwencjonowanie metylacji DNA, takie jak sekwencjonowanie wodorosiarczynem i zakażenia drobnoustrojami. Oprócz niestabilności mikrosatelitarnej (MSI), niektórzy badacze donieśli o nowych mutacjach mitochondrialnych w genomach raka. Technologia NGS pomoże badaczom w zrozumieniu całych genomów CRC, a uzyskana wiedza doprowadzi do lepszej diagnozy i spersonalizowanych ukierunkowanych terapii do zarządzania CRC.Eksperymentalne projekt: Projekt badania mający na celu próbę zidentyfikowania unikalnego spektrum mutacji i nowych celów genomowych zmian epigenetycznych u egipskich pacjentów z rakiem jelita grubego w regionie Delta przy użyciu głębokiego sekwencjonowania całego egzomu i epigenetyki. Oczekiwane wyniki: Analiza genomu oparta na NGS ułatwia identyfikację nierozpoznanego genu Mutacja egipskiego raka CRC, zwłaszcza w Regionie Delta, który może różnić się biologicznie od zachodniego CRC ze względu na inne czynniki środowiskowe. Znaczenie oczekiwanych wyników: Wyniki tego projektu będą przydatne w (1) Identyfikacji nowych cech lub typów mutacji w CRC genomy w regionie delty. (2) Zrozumienie postępu na poziomie szlaku w karcynogenezie jelita grubego oraz (3) Zidentyfikowanie istotnych klinicznie genetycznych i epigenetycznych biomarkerów do nieinwazyjnej diagnostyki i możliwych do zastosowania klinicznego celów dla spersonalizowanej medycyny celowanej.