Valittujen geenien geneettiset muunnelmat paksusuolen ja peräsuolen syöpäpotilailla.

Ongelman tunnistaminen: Kolorektaalisyöpä (CRC) on kolmanneksi yleisin ihmisen pahanlaatuinen syöpä, ja se on myös johtava syöpään liittyvien kuolemien syy maailmanlaajuisesti. Esipahanlaatuisten leesioiden, kuten adenomatoottisten polyyppien varhainen havaitseminen on vähentänyt CRC-riskiä; Kuitenkin tapaukset, joita alun perin ei havaita ja jotka etenevät pitkälle edenneeseen CRC:hen, jossa on kaukainen etäpesäke, ovat edelleen valitettavasti parantumattomia. CRC:n kehittyminen on monimutkainen ja heterogeeninen prosessi, joka johtuu useiden etiologisten tekijöiden vuorovaikutuksesta, mukaan lukien geneettiset tekijät ja ympäristötekijät, kuten ruokavalio ja elämäntapa. Haasteena on ymmärtää molekyyliperusta yksilölliselle alttiudelle paksusuolen syöpään ja määrittää tekijät, jotka käynnistävät kasvaimen kehittymisen, ohjaavat sen etenemistä ja määrittävät sen vasteen tai resistenssin kasvainten vastaisia ​​aineita vastaan. Seuraavan sukupolven sekvensointiin (NGS) perustuvat genomitutkimukset raportoivat jo syöpägenomien uusia piirteitä perinteisten mutaatiokategorioiden lisäksi. Sekvensointitekniikan viimeaikainen edistys on mahdollistanut CRC:n geneettisten muutosten kattavan profiloinnin. Nämä menetelmät helpottavat kunkin tärkeimmän somaattisen syövän genomin muutostyypin havaitsemisen tehokkuutta ja erottelukykyä, mukaan lukien nukleotidisubstituutiot, pienet lisäykset ja deleetiot, kopiot. lukujen muutokset, kromosomien uudelleenjärjestelyt, DNA:n metylaatiosekvensointi, kuten bisulfiittisekvensointi ja mikrobi-infektiot. Mikrosatelliittien epävakauden (MSI) lisäksi jotkut tutkijat raportoivat uusista mitokondriomutaatioista syöpägenomeissa.NGS-tekniikka auttaa tutkijoita ymmärtämään kokonaisia ​​CRC-genomeja, ja saatu tieto johtaa parempaan diagnoosiin ja henkilökohtaiseen kohdennettuun hoitoon CRC:n hallintaan. Suunnittelu: Tutkimussuunnitelma, jolla pyritään tunnistamaan ainutlaatuinen mutaatiospektri ja genomisten, epigeneettisten muutosten uudet kohteet egyptiläisillä paksusuolen ja peräsuolen syöpäpotilailla Delta-alueella käyttäen koko eksomia ja epigeneettistä syväsekvensointia. Odotetut tulokset: NGS-pohjainen genomianalyysi helpottaa tunnistamattomien geenien tunnistamista. Egyptin CRC-syövän mutaatio erityisesti Delta-alueella, joka voi olla biologisesti erilainen kuin läntinen CRC, koska ympäristötekijät ovat erilaisia. Odotettujen tulosten merkitys:Tämän projektin tuloksista on hyötyä (1) Uusien piirteiden tai mutaatiotyyppien tunnistaminen CRC:ssä genomit Delta-alueella. (2) Ymmärtää polkutason etenemisen kolorektaalisessa karsinogeneesissä ja (3) tunnistaa kliinisesti merkitykselliset geneettiset ja epigeneettiset biomarkkerit noninvasiivista diagnoosia varten ja kliinisesti toiminnalliset kohteet yksilölliselle kohdistetulle lääketieteelle.