Gestion de la co-infection dans les cas de COVID-19 gravement malades

Fin avril 2020, l'Organisation mondiale de la santé rapportait que près de trois millions de personnes dans le monde étaient infectées par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dont 202 000 personnes sont déjà décédées de la maladie associée nommée COVID-19 . La présentation clinique varie du portage asymptomatique à une infection respiratoire sévère avec un syndrome de détresse respiratoire aiguë et il a été calculé qu'environ 5% des patients COVID-19 nécessitent des soins intensifs. De manière spectaculaire, le taux de mortalité signalé 28 jours après l'admission à l'unité de soins intensifs (USI) atteint 61,5 %.

Le 23 mars, une équipe d'experts de la campagne Surviving Sepsis (SSC) a publié une série de lignes directrices sur la gestion du COVID-19 chez les personnes gravement malades dans lesquelles elles adressent des recommandations sur le contrôle et les tests d'infection, le contrôle hémodynamique, l'assistance ventilatoire et la thérapie. . Compte tenu de ce dernier point, l'utilisation d'agents antimicrobiens/antibactériens empiriques est suggérée chez les patients présentant une insuffisance respiratoire nécessitant une ventilation mécanique en raison d'une co-infection suspectée. Les taux signalés de co-infection bactérienne chez les patients atteints de grippe A varient de 6 à 65 %. On pourrait penser que le SRAS-CoV-2 détruit l'épithélium respiratoire de la même manière, facilitant ainsi l'invasion bactérienne. Les experts de la SSC suggèrent en outre d'évaluer la désescalade. Rationnellement l'adaptation à une antibiothérapie ciblée nécessite un diagnostic microbiologique de la co-infection bactérienne suspectée. Les tests contemporains basés sur la culture en laboratoire sur des échantillons des voies respiratoires inférieures nécessitent un minimum de 24 à 48 heures pour obtenir respectivement les résultats d'identification et de sensibilité aux antimicrobiens. Pendant cet intervalle de temps incompressible, l'administration d'antibiotiques à large spectre est maintenue avec un risque de sélection de bactéries multirésistantes potentiellement à l'origine d'infections nosocomiales. Visant à réduire le temps d'analyse microbiologique, des outils moléculaires ont été très récemment développés permettant la détection d'un panel de micro-organismes comprenant des bactéries et des virus directement à partir d'un échantillon des voies respiratoires inférieures en quelques heures. Des évaluations récentes ont rapporté des performances satisfaisantes par rapport aux méthodes microbiologiques de routine et prédit un bénéfice substantiel des tests moléculaires dans l'instauration accélérée d'une antibiothérapie ciblée et des précautions d'isolement chez les patients atteints d'infections des voies respiratoires inférieures.

Dans cet essai clinique prospectif, les enquêteurs ont effectué un test moléculaire rapide sur l'échantillon initial des voies respiratoires inférieures de chaque patient COVID-19 admis aux soins intensifs. L'objectif principal de l'étude était de déterminer le taux de co-infections chez les patients gravement malades COVID-19 et l'objectif secondaire était de mesurer l'impact du test de diagnostic moléculaire rapide sur la gestion antimicrobienne de tous les patients inclus. Les enquêteurs ont émis l'hypothèse que les résultats rapides des pathogènes détectés soutiendront le médecin de soins intensifs dans l'initiation d'un traitement antibiotique ciblé mais aussi dans le sevrage de toute antibiothérapie si tous les micro-organismes restent non détectés.