Dépistage par séquençage néonatal en Chine
L'application du séquençage ciblé dans le dépistage des maladies néonatales
Aperçu de l'étude
Description détaillée
Le dépistage néonatal (NBS) est la dernière étape de la prévention des malformations congénitales. Actuellement, la spectrométrie biochimique et de masse est couramment utilisée pour le NBS, mais il existe des maladies limitées et certains faux positifs/négatifs. Le séquençage à haut débit (NGS) a été largement utilisé dans le diagnostic prénatal, la détection de biomarqueurs ciblés sur les tumeurs et la détection d'agents pathogènes. Bien que l'application du NGS dans le nouveau dépistage ait une large perspective et que de nombreux pays du monde aient commencé à l'explorer, il reste des défis à relever dans la sélection des maladies de dépistage, les phénotypes cliniques des gènes, le conseil génétique et le cheminement clinique.
Depuis 2019, notre équipe a commencé à explorer l'application des technologies NGS dans l'application clinique de la prévention tertiaire, combinée à la base de données Clinva, HGMD, OMIM, sur la base du dépistage de gènes pathogènes spécifiques et de sites de mutation comme cible, Un panel NGS pour les nouveau-nés en Chine (NeoExome) a été conçu, couvrant 542 maladies monogéniques avec 601 gènes. La rationalité et la validité du panel NGS ont été préalablement vérifiées sur 3423 échantillons de sang néonatal prélevés dans 5 nouveaux centres de dépistage en Chine.
Afin d'optimiser davantage le spectre de dépistage génétique des maladies néonatales dans la population chinoise, d'évaluer l'efficacité de la technologie de séquençage ciblé dans le dépistage et le diagnostic des maladies néonatales, de standardiser le cheminement clinique et de jeter les bases de la formulation du nouveau NGS de dépistage chinois directives, les chercheurs ont encore optimisé le package de séquençage ciblé (NeoexOME-V2) sur la base de la première phase. 491 gènes couvrant 485 maladies génétiques monogéniques ont été conçus pour lancer l'"Action Bourgeonnante". Le projet prévoit de collecter 10 000 échantillons à l'échelle nationale et de mener une recherche clinique multicentrique sur l'application de la technologie de séquençage ciblé dans le dépistage des maladies néonatales.
Type d'étude
Inscription (Réel)
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
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Shanghai, Chine, 200062
- Shanghai Children's Hospital
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- -- Sujets : tous les nouveau-nés (de la naissance à 28 jours) ;
- -- Après avoir bien compris le programme, le tuteur signe le consentement éclairé et accepte de participer au programme.
Critère d'exclusion:
- D'autres projets de recherche clinique similaires sont en cours pour les nouveau-nés examinés ;
- Les nouveau-nés ont reçu une transfusion de produits sanguins allogéniques ;
- Les nouveau-nés dont les tuteurs refusent explicitement de participer au programme après avoir reçu la mission.
Critères d'élimination
- Échantillons qui ne sont pas correctement collectés ou stockés pour les tests ;
- Échantillons avec enregistrements de données non standard ;
- Échantillons sans résultats de suivi clinique ;
- Le projet rappelle les nouveau-nés qui sont tenus de se retirer par leurs tuteurs pendant le suivi.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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Dépistage national multicentrique
Le NGS a été réalisé sur la base du NBS conventionnel.
La relation entre la variation génétique détectée par le NGS et l'apparition de la maladie a été étudiée par le biais d'un suivi.
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Dans la cohorte de dépistage multicentrique Nation, le test NGS a été effectué sur la base du NBS conventionnel pour étudier la relation entre la variation des gènes et l'apparition de la maladie ;
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Outcome measure
Délai: From enrollment to the end of test at 3 years
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Kappa coefficient to evaluate the agreement strength.
Positive Percent Agreement (PPA) and Negative Percent Agreement (NPA) calculated based on the 2x2 contingency table (True Positive, False Positive, False Negative, True Negative).
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From enrollment to the end of test at 3 years
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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The consistency of test results of NGS and conventional NBS
Délai: From enrollment to the end of testt at 8 weeks
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Conventional NBS was used as the standard to study the application potential of targeted sequencing technology in neonatal screening and evaluate its consistency: ① Genetic variations in children with positive results from routine NBS screening: Genetic variation rate, genetic variations found in specific genes, population distribution characteristics, etc.; ② Application of gene sequencing technology in the diagnosis of diseases in infants and young children with positive results from routine newborn screening. 50% number of participants with consistency of test results. physiological parameter: Kappa coefficient to evaluate the agreement strength. Positive Percent Agreement (PPA) and Negative Percent Agreement (NPA) calculated based on the 2x2 contingency table (True Positive, False Positive, False Negative, True Negative). McNemar's test for discordant pairs analysis. |
From enrollment to the end of testt at 8 weeks
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Lin Zou, Shanghai Children's Hospital
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Réel)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Autres numéros d'identification d'étude
- shercru-20220003
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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