Klinisk karakteriseringsprotokoll for alvorlige infeksjonssykdommer (CCPSEI) (CCPSEI)

Smittsomme sykdommer er den største enkeltdødsårsaken på verdensbasis. Nye smittestoffer, som SARS, MERS og SARS CoV-2, nye influensavirus, virus som forårsaker viral hemorragisk feber (f. Ebola), og virus som påvirker sentralnervesystemet (CNS) som TBEV og Nipah krever undersøkelser for å forstå patogenbiologi og patogenese i verten. Selv for kjente infeksjoner er resistens mot antimikrobielle terapier utbredt, og behandlinger for å kontrollere potensielt skadelige vertsresponser mangler.

For å utvikle en mekanistisk forståelse av sykdomsprosesser, slik at risikofaktorer for alvorlig sykdom kan identifiseres og behandlinger kan utvikles, er det nødvendig å forstå patogenkarakteristikker assosiert med virulens, replikasjonsdynamikken og utviklingen i vertspatogenet, dynamikken til vertsresponsen, farmakologien til antimikrobielle eller vertsrettede terapier, overføringsdynamikken og faktorer som ligger til grunn for individuell mottakelighet.

Det nye alvorlige akutte respiratoriske syndromet coronavirus 2 (SARS-CoV-2) har ført til nesten 500 000 tilfeller av COVID-19 og over 22 000 dødsfall over hele verden. Det har vært 24 738 tilfeller og 291 dødsfall i USA og 190 tilfeller i Maryland, USA per 21. mars 2020. Det globale er forferdelig, med rapporter om alvorlig overbefolkning på sykehus, mangel på medisinsk utstyr og utilstrekkelig medisinsk personell til å møte økningen i pasienter som søker omsorg. Risikoen for at denne situasjonen skal oppstå i andre land fremheves av tilbøyeligheten til høy smitteevne og asymptomatisk spredning. For å beskytte pasienter og samfunnet for øvrig, er det et presserende behov for forskning for å veilede karantene- og behandlingsstrategier for COVID-19.

Sykelighet og dødelighet fra COVID-19 er assosiert med utvikling av fulminant respirasjonssvikt. Nyere data tyder på dødsrater så høye som 38 % blant de som trenger intensivbehandling, hvorav mange utviklet akutt respiratorisk distresssyndrom (ARDS). Det er imidlertid foreløpig ukjent hvilke pasienter som er i faresonen for alvorlig sykdom. Diagnostiske verktøy er påtrengende nødvendig for å oppdage immunologiske og fysiologiske sykdomsresponser for å identifisere infeksjon hos asymptomatiske individer og for å identifisere infeksjoner på vei til ARDS. Videre forblir de smittsomme reservoarene til SARS CoV-2 uklare, selv om barn kan være viktige reservoarer gitt barns relativt milde sykdomsforløp samt langvarig viral utskillelse fra både luftveis- og avføringsprøver. Denne protokollen tar sikte på å løse disse kritiske kunnskapshullene og fremtidige spørsmål som er relevante for klinisk behandling av COVID-19.

INPASIENT Innmeldte pasienter vil få fullblod, 1 RNA-rør, serum, nasofaryngeal (NP) eller orofaryngeal (OP) vattpinne tatt ved registrering. Påfølgende blodprøvetakinger (fullblod, serum eller plasma) utelukkende for forskning blant innlagte pasienter vil være maksimalt 10 ml per dag. Dette vil vanligvis følge en tidsplan på dag 0/1, 3, 7 og ukentlig under sykehusinnleggelse. Påfølgende innsamlinger etter utskrivning fra sykehus skjer etter 1 måned, 3 måneder, 6 måneder, 9 måneder og 12 måneder.

Kliniske data fra rutinemessig klinisk behandling som vil bli registrert inkluderer, men er ikke begrenset til:

• Symptomer
• Omfattende sykehistorie
• Medisiner
• Fysisk undersøkelse inkludert vitale tegn og oksygenadministrasjon
• Kliniske og mikrobiologiske laboratorier utført under (fullstendig blodtelling (CBC), kjemi, laktat, blodkulturresultater, HIV-resultater)
• Bilder og/eller bilderesultater fra sykehusjournal

OPPASSIENT Etter påmelding vil en fraktkoordinator kontakte deltakeren for å bekrefte deltakerens vilje til å delta og for å bekrefte leveringsadressen som et studieselvtestsett vil bli sendt til. Dette settet vil inneholde et termometer, pulsoksymeter, hansker, NP- og OP-pinner (for dag 0, 3, 7, 14), 4 virale transportmedier som vattpinnene skal legges i etter testing, Tasso- og/eller tørket blodflekktesting sett, Oracol (munnvæskeoppsamlingsrør).

Deltakere med bekreftet eller mistenkt covid-19, 18 år og eldre vil bli fulgt med selvinnsamling av prøver. Selvinnsamling av prøver vil finne sted på dag 0, som bør skje innen 24-48 timer etter påmelding. Selvinnsamling av prøver vil også skje på dag 3, 7, 14,(-1/+1) og 28 dager (+32). Deltakere med vedvarende symptomer vil ha en ekstra hentedato på 21 dager (-2/+2) hvis det er mulig. Deltakerne vil bli bedt om å gjøre dette selv og ikke be andre om hjelp. Et selvtestingssett vil inneholde klare instruksjoner for selvinnsamling av prøver. Dette kan inkludere åndedretts-, munnvæske og tørket blodflekk/smertefri kapillærblodsamling avhengig av tilgjengeligheten av ressurser. Avhengig av forsendelsesressurser vil prøver midlertidig lagres i deltakerens personlige fryser. Vitale tegn (f.eks. hjertefrekvens, oksygenmetning, temperatur) vil bli samlet inn av deltakere med positive COVID-19-resultater ved å bruke enheter levert av studien når ressurser er tilgjengelige (f.eks. bærbart pulsoksymeter og/eller termometer). Spørreskjemaer for demografisk, medisinsk historie, sosioøkonomisk, psykisk helse, husholdningskontakter og boligsituasjon vil bli administrert elektronisk eller av studiepersonell avhengig av studiedeltakerens situasjon. Et standard symptomspørreskjema vil bli administrert ved hvert prøvetakingstidspunkt enten elektronisk eller av studiepersonell inkludert dag 28.