Protocollo di caratterizzazione clinica per le malattie infettive gravi (CCPSEI) (CCPSEI)

Le malattie infettive sono la principale causa di morte in tutto il mondo. Nuovi agenti infettivi, come SARS, MERS e SARS CoV-2, nuovi virus influenzali, virus che causano la febbre emorragica virale (ad es. Ebola) e i virus che colpiscono il sistema nervoso centrale (SNC) come TBEV e Nipah richiedono indagini per comprendere la biologia e la patogenesi dei patogeni nell'ospite. Anche per le infezioni note, la resistenza alle terapie antimicrobiche è diffusa e mancano trattamenti per controllare le risposte potenzialmente deleterie dell'ospite.

Al fine di sviluppare una comprensione meccanicistica dei processi patologici, tale da poter identificare i fattori di rischio per malattie gravi e sviluppare trattamenti, è necessario comprendere le caratteristiche del patogeno associate alla virulenza, le dinamiche di replicazione e l'evoluzione nell'ospite del patogeno, la dinamica della risposta dell'ospite, la farmacologia delle terapie antimicrobiche o dirette dall'ospite, le dinamiche di trasmissione e i fattori alla base della suscettibilità individuale.

La nuova sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2) ha portato a quasi 500.000 casi di COVID-19 e oltre 22.000 decessi in tutto il mondo. Ci sono stati 24.738 casi e 291 decessi negli Stati Uniti e 190 casi nel Maryland, USA al 21 marzo 2020. Il globale è terribile, con segnalazioni di grave sovraffollamento negli ospedali, carenza di forniture mediche e personale medico insufficiente per affrontare l'ondata di pazienti in cerca di cure. Il rischio che questa situazione si verifichi in altri paesi è evidenziato dalla propensione all'elevata infettività e alla diffusione asintomatica. Per proteggere i pazienti e la comunità in generale, è urgentemente necessaria la ricerca per guidare le strategie di quarantena e trattamento per COVID-19.

Morbilità e mortalità da COVID-19 sono associate allo sviluppo di insufficienza respiratoria fulminante. Dati recenti suggeriscono tassi di mortalità fino al 38% tra coloro che necessitano di cure in terapia intensiva, molti dei quali hanno sviluppato la sindrome da distress respiratorio acuto (ARDS). Tuttavia, al momento non è noto quali pazienti siano a rischio di malattia grave. Sono urgentemente necessari strumenti diagnostici per rilevare le risposte immunologiche e fisiologiche alle malattie per identificare l'infezione in individui asintomatici e per identificare le infezioni sulla traiettoria verso l'ARDS. Inoltre, i serbatoi infettivi di SARS CoV-2 rimangono poco chiari, sebbene i bambini possano essere importanti serbatoi dato il decorso relativamente lieve della malattia dei bambini e la prolungata diffusione virale da entrambi i campioni respiratori e fecali. Questo protocollo mira ad affrontare queste lacune di conoscenza critiche e le domande future relative alla gestione clinica di COVID-19.

RICOVERATO I pazienti ricoverati arruolati avranno sangue intero, 1 provetta di RNA, siero, tamponi rinofaringei (NP) o orofaringei (OP) raccolti al momento dell'arruolamento. Le successive raccolte di sangue (sangue intero, siero o plasma) esclusivamente per la ricerca tra pazienti ospedalizzati saranno al massimo di 10 ml al giorno. Questo generalmente seguirà un programma del giorno 0/1, 3, 7 e settimanale durante il ricovero in ospedale. Le raccolte successive dopo la dimissione dall'ospedale si verificano a 1 mese, 3 mesi, 6 mesi, 9 mesi e 12 mesi.

I dati clinici delle cure cliniche di routine che verranno registrati includono, ma non sono limitati a:

• Sintomi
• Storia medica completa
• Farmaci
• Esame fisico inclusi segni vitali e somministrazione di ossigeno
• Laboratori clinici e di microbiologia eseguiti durante (Emocromo completo (CBC), esami chimici, lattato, risultati dell'emocoltura, risultati dell'HIV)
• Immagini e/o risultati di imaging dalla cartella clinica

PAZIENTE ambulatoriale Dopo l'iscrizione, un coordinatore della spedizione contatterà il partecipante per confermare la disponibilità del partecipante a partecipare e per verificare l'indirizzo di spedizione a cui verrà spedito il kit di autotest dello studio. Questo kit conterrà un termometro, un pulsossimetro, guanti, tamponi NP e OP (per i giorni 0, 3, 7, 14), 4 terreni di trasporto virale in cui verranno inseriti i tamponi dopo il test, il Tasso e/o il test del sangue secco kit, Oracol (provetta per la raccolta del fluido orale).

I partecipanti con COVID-19 confermato o sospetto, di età pari o superiore a 18 anni, saranno seguiti con l'auto-raccolta del campione. L'auto-raccolta del campione avverrà il giorno 0, che dovrebbe avvenire entro 24-48 ore dall'arruolamento. L'autoprelievo del campione avverrà anche nei giorni 3, 7, 14,(-1/+1) e 28 giorni (+32). I partecipanti con sintomi persistenti avranno una data di raccolta aggiuntiva a 21 giorni (-2/+2) se possibile. Ai partecipanti verrà consigliato di farlo da soli e di non chiedere assistenza ad altri. Un kit di autotest includerebbe istruzioni chiare per l'autoraccolta dei campioni. Ciò può includere la raccolta di sangue respiratorio, fluido orale e sangue secco / sangue capillare indolore a seconda della disponibilità delle risorse. A seconda delle risorse di spedizione, i campioni verranno temporaneamente conservati nel congelatore personale del partecipante. I segni vitali (ad es. Frequenza cardiaca, saturazione di ossigeno, temperatura) saranno raccolti dai partecipanti con risultati COVID-19 positivi utilizzando i dispositivi forniti dallo studio quando le risorse sono disponibili (ad es. pulsossimetro portatile e/o termometro). I questionari per dati demografici, anamnestici, socioeconomici, di salute mentale, contatti familiari e situazione abitativa saranno somministrati elettronicamente o dal personale dello studio a seconda della situazione del partecipante allo studio. Un questionario standard sui sintomi verrà somministrato ad ogni momento del campionamento, elettronicamente o dal personale dello studio, compreso il giorno 28.