Wyprowadzenie i walidacja oceny ryzyka zapalenia płuc obejmującego oporne patogeny (RESPIRE) (RESPIRE)

Projekt i miejsce badania

Jest to jednoośrodkowe, niekomercyjne badanie obserwacyjne złożone z dwóch kolejnych faz: wstępnej fazy retrospektywnej i późniejszej fazy prospektywnej. Pacjenci byli rekrutowani w dwóch kolejnych, nie pokrywających się okresach: od 1 stycznia 2022 do 31 grudnia 2023 (kohorta retrospektywna) oraz od 1 stycznia 2024 do 31 grudnia 2025 (kohorta prospektywna).

Badanie przeprowadzono w warunkach szpitalnych i jest ono monocentryczne, realizowane na Oddziale Ratunkowym oraz Pododdziale Intensywnej Terapii Ratunkowej Azienda Ospedaliero Universitaria Careggi, we współpracy z Oddziałami Mikrobiologii i Wirusorologii oraz Chorób Zakaźnych. Careggi to duży szpital akademicki, który służy jako szpital lokalny dla populacji liczącej około 650 000 mieszkańców i pełni funkcję ośrodka referencyjnego trzeciego stopnia dla około 1 600 000 osób.

Faza retrospektywna (Kohorta wyprowadzeniowa)

Podczas pierwszej obserwacyjnej fazy retrospektywnej (2 lata) zebrano dane w celu utworzenia retrospektywnej kohorty wyprowadzeniowej złożonej z pacjentów z mikrobiologicznie potwierdzonym rozpoznaniem etiologicznym zapalenia płuc. Kohorta wyprowadzeniowa obejmuje pacjentów, u których przeprowadzono badania mikrobiologiczne mające na celu zidentyfikowanie etiologicznego rozpoznania zapalenia płuc w ciągu pierwszych 48 godzin od przyjęcia do Azienda Ospedaliero Universitaria Careggi.

Po wstępnym przesiewie wniosków o badania mikrobiologiczne otrzymanych przez Laboratorium Mikrobiologii i Wirusologii – przy użyciu dedykowanego oprogramowania zawierającego badania mikrobiologiczne i elektroniczne dokumentacje medyczne pacjentów z zapaleniem płuc – zidentyfikowano pacjentów, u których przeprowadzono badania diagnostyczne w celu określenia czynnika etiologicznego zapalenia płuc (bakteryjnego, wirusowego lub grzybiczego) na próbkach oddechowych (uważanych za złoty standard diagnostyczny w ocenie etiologicznej) w ciągu 48 godzin od przyjęcia do szpitala. Następnie badacze przejrzeli dokumentacje medyczne pacjentów, aby skonstruować ostateczną bazę danych kohorty.

Podczas fazy retrospektywnej pacjenci z mikrobiologicznie potwierdzonym bakteryjnym, grzybiczym lub wirusowym zapaleniem płuc zostali włączeni w celu utworzenia kohorty retrospektywnej. Wykluczono przypadki, w których nie zidentyfikowano patogenu bakteryjnego, grzybiczego ani wirusowego. Wyselekcjonowano tylko pacjentów z dodatnimi wynikami posiewów i dostępnymi wynikami badania lekowrażliwości. Pacjenci z bakteryjnym zapaleniem płuc wywołanym przez wielolekooporne (MDR) patogeny wykryte w posiewie stanowili grupę badaną, natomiast pacjenci z bakteryjnym zapaleniem płuc wywołanym przez patogeny nie-MDR stanowili grupę kontrolną. Zapalenie płuc MDR zdefiniowano jako zapalenie płuc wywołane przez patogeny bakteryjne wykazujące nabyty brak wrażliwości na co najmniej jeden lek w trzech lub więcej kategoriach przeciwdrobnoustrojowych.

Włączono tylko pacjentów z potwierdzonym rozpoznaniem etiologicznym zapalenia płuc i dodatnimi wynikami posiewów, aby uniknąć włączenia przypadków fałszywie ujemnych. Ujemne wyniki posiewów z dróg oddechowych (zgłaszane w literaturze w około 40–60% przypadków) mogłyby wprowadzić potencjalne błędy selekcji, ponieważ ujemne wyniki posiewów nie pozwalają na wykluczenie zapalenia płuc wywołanego przez patogeny MDR.

Faza prospektywna (Kohorta walidacyjna)

Podczas drugiej obserwacyjnej fazy prospektywnej (2 lata) zebrano dane w celu utworzenia prospektywnej kohorty pacjentów Oddziału Ratunkowego, na której oceniano – w sposób czysto obserwacyjny – skuteczność wyniku klinicznego wyprowadzonego z kohorty retrospektywnej.

Kohorta walidacyjna obejmuje pacjentów z rozpoznaniem zapalenia płuc, u których na Oddziale Ratunkowym przeprowadzono badania mikrobiologiczne na próbkach oddechowych w celu oceny czynnika etiologicznego. Nie przeprowadzono żadnych dodatkowych badań diagnostycznych poza rutynową praktyką kliniczną. Włączono tylko pacjentów z zapaleniem płuc, u których – według uznania klinicysty – przeprowadzono badania mikrobiologiczne na próbkach oddechowych. Po fazie wstępnej, z tych samych powodów opisanych powyżej, włączono tylko pacjentów z dodatnimi wynikami posiewów z dróg oddechowych.

Oddziały Medycyny i Chirurgii Ratunkowej oraz Zintegrowanej Oceny Klinicznej i Sposobów Postępowania w Nagłych Wypadkach w Szpitalu były odpowiedzialne za ocenę pacjentów, rekrutację, pobieranie próbek i zbieranie danych. Oddział Mikrobiologii i Wirusologii był odpowiedzialny za identyfikację wniosków o badania mikrobiologiczne otrzymanych przez laboratorium w okresie badania oraz za ekstrakcję danych mikrobiologicznych.

Cele badania

Głównym celem badania jest wyprowadzenie klinicznego wyniku predykcyjnego dla zapalenia płuc związanego z patogenami MDR u pacjentów z rozpoznaniem zapalenia płuc zgłaszających się na Oddział Ratunkowy i/lub przyjmowanych do szpitala ze społeczności.

Cele drugorzędne to:

1. walidacja wyprowadzonego wyniku klinicznego w prospektywnej kohorcie pacjentów;
2. porównanie skuteczności opracowanego wyniku w przewidywaniu zapalenia płuc związanego z MDR ze zwalidowanymi wynikami, takimi jak DRIP, Shorr, Park, Shindo, Aliberti i Schreiber, a także kryteriami ATS/IDSA HCAP;
3. analiza wartości predykcyjnej dodatniej (PPV), wartości predykcyjnej ujemnej (NPV), swoistości, czułości, dodatnich i ujemnych ilorazów wiarygodności (LR+ i LR-) oraz optymalnych wartości odcięcia;
4. ocena kalibracji wyniku zarówno w kohorcie wyprowadzeniowej, jak i walidacyjnej;
5. ocena wpływu klinicznego przy użyciu analizy krzywej decyzyjnej.