Ett retrospektivt studieprojekt av klinisk-molekylär karakterisering hos patienter med metastaserad kolorektal cancer

studien innebär indelning i tre grupper med förhållandet 1:1:1.

• Den första gruppen inkluderar patienter som behandlats med operation av primärtumören, neoadjuvant kemoterapi plus bevacizumab och slutligen kirurgisk resektion av levermetastaser.
• Den andra gruppen liknar grupp ett, med undantag för att patienter inte behandlades med en bevacizumab-baserad regim.
• Den tredje gruppen, kontrollgruppen, inkluderar patienter med synkron primär tumör och metastaser resekerade utan någon preoperativ systemisk terapi

Genomiskt DNA från formalinfixerade paraffininbäddade (FFPE) vävnader från den primära tumören och metastaserande lesioner kommer att extraheras. Det genomiska DNA:t kommer att bedömas för RAS-mutationsstatus på ett kvantitativt och kvalitativt sätt med två olika tillvägagångssätt: en realtids-PCR-metod med hjälp av SensiScreen®-kitet (PentaBase Aps) och en nästa generations sekvenseringsmetod med hjälp av Ion Torrent-plattformen av applicering av Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 (ThermoFisher Scientific). Realtids-PCR kan tillhandahålla den relativa kvantifieringen av RAS-mutantallelen genom att jämföra Ct-värdet för mutationen med referensgenens Ct. Detta förhållande kommer att beräknas för både den primära tumören och för metastasen och sedan jämföras. Jon Torrent ger direkt procentandelen av den muterade allelen i varje prov. Dessutom tillhandahåller Cancer Hotspot Panel v2 data (både kvantitativa och kvalitativa) om mutationsstatusen för ytterligare 49 gener, inklusive de mest relevanta och ofta muterade generna i CRC (dvs.: APC, TP53, PIK3CA, BRAF och PTEN) och den relativa mutationsmönstret för den primära tumören och den för fjärrmetastaserna kommer att jämföras.