Icke-invasiv diagnos av invasiv pulmonell aspergillos genom användning av biomarkörer i utandningskondensat (NIPA)

Bakgrund:

Sökandet efter biomarkörer för att förbättra och förbättra diagnosen av PA pågår, främst inriktat på markörer som upptäcks i blodet och bronkoalveolär lavage (BAL) vätskor. I denna studie kommer utredarna att undersöka om kondensat utandningsluft är en användbar källa för diagnos av PA antingen med befintliga metoder (dvs. polymeraskedjereaktion (PCR) detektion av Aspergillus DNA) eller genom analys av proteomet. Emellertid har extraktion av Aspergillus DNA aldrig gjorts i EBC tidigare. I denna pilotstudie kommer utredarna att undersöka om det är möjligt att rena DNA från pneumocystis från EBC hos patienter med påvisad pneumocystis pneumoni både för att det diagnostiska testet för pneumocystis pneumoni är mer känsligt och specifikt och även på grund av att pneumocystis pneumoni är vanligare. än PA. Utredarna kommer att bevara EBC-proverna från patient PA för proteinanalysen i denna studie.

Inga tidigare studier har undersökt potentialen för EBC-proteinanalys som ett diagnostiskt verktyg vid PA-infektioner. I denna pilotstudie kommer utredarna att testa om Aspergillus-proteiner finns i EBC från patienter med bevisad/sannolik/möjlig PA.

Metoder:

Studien kommer att jämföra proteinprofilerna för utandningskondensat (EBC) som samlats in från patienter med bevisad, sannolik eller möjlig lungaspergillus (PA)-infektion och patienter med misstänkt PA-infektion där rutinmässig diagnostisk upparbetning uteslöt PA, och negativa kontroller, dvs. patienter som genomgå diagnostik för benigna/indolenta tillstånd och utan misstänkt PA, med samma ålder (inom intervallet 10 år) och kön från polikliniken på hematologiska avdelningen, infektionsmedicinska avdelningen, avdelningen för luftvägssjukdomar och avdelningen för hjärt- och thoraxkirurgi kl. Aalborg Universitetssjukhus. Huvudresultatet, dvs medel för de relativa mängderna specifika proteiner i EBC-proverna, kommer att jämföras med oparade t-tester efter bedömning av normalitet och standardavvikelser inom de två grupperna i följande jämförelser: bevisad/sannolik/möjlig PA vs. patienter där PA var uteslutet och bevisade/troliga/möjliga PA kontra negativa kontroller. Om tre grupper jämförs kommer envägsvariansanalysen att tillämpas, men detta ligger inte inom ramen för vår studie.

I en delstudie kommer utredarna att samla in EBC från patienter med misstänkt Pneumocystis jirovecii-lunginflammation och friska kontroller, det vill säga patienter som genomgår diagnostisk behandling för godartade/indolenta tillstånd och utan misstänkt pneumocystis-lunginflammation. Diagnostiska tester för pneumocystis lunginflammation är mycket specifika och känsliga. Utredarna kommer att testa om pneumocystis-DNA är detekterbart i EBC från dessa patienter och lära sig hur DNA bör extraheras från EBC-proverna. DNA-extraktion och analys kommer att göras lokalt. Utredarna kommer att använda erfarenheterna och resultaten från denna delstudie i utformningen av ytterligare studier av detektion av Aspergillus i EBC efter denna pilotstudie, om relevant. Utredarna kommer att inkludera fyra patienter med bekräftad pneumocystis pneumoni och fyra friska kontroller. Orala tvättar pneumocystis-test kommer att samlas in omedelbart innan EBC samlas in för både fall och friska kontroller. Om diagnosen pneumocystis pneumoni inte bekräftas hos en patient med misstänkt pneumocystis pneumoni kommer patienten att ingå som negativ kontroll.

Blodprover (dvs. överskott av plasma/serum från rutinmässiga blodprover som tagits som en del av rutindiagnostisk upparbetning) från studiedeltagarna (både PA-patienter, friska kontroller och patienter med pneumocystis pneumoni) kommer att lagras för standardisering och verifiering och kompletterande analys av möjliga fynd i EBC. Plasma är den del av ett blodprov som finns kvar efter centrifugering när ett antikoagulerande medel tillsätts när blodprovet tas. För några av proverna (citrat, etylendiamintetraättiksyra (EDTA), heparinbelagda rör), kommer utredarna därför att lagra plasma (d.v.s. cellfri del av blodet med koagulationsfaktorer) och för blodprovet som fick koagulera i röret kommer det lagrade materialet att vara serum (dvs. cellfri del av blodet utan koagulationsfaktorer). För att kvalificera de mest lämpliga markörerna och substraten för standardisering måste analysen av EBC-proverna vara klar innan blodproverna kan analyseras. Endast biokemisk, ingen genetisk analys kommer att utföras. För de friska PA-kontrollerna kommer utredarna att be om ett extra blodprov för detektering av aspergillus galactomannan. För friska pneumocystis pneumonikontroller kommer utredarna att be om en pneumocystis oral tvätt för test av pneumocystis.