Transcriptomique unicellulaire du microenvironnement péritonéal du PC colorectal (SingleCell)

Méthodologie de recherche

Avant l'inclusion des patients, les patients seront dépistés pour la présence d'hépatite B, d'hépatite C et de VIH afin d'assurer la sécurité des chercheurs. Au cours de la chirurgie de cytoréduction, un total de cinq échantillons de tissu tumoral sera acquis. Trois de ces échantillons seront utilisés pour l'analyse ScRNASeq, et deux échantillons d'une macrométastase seront congelés et cryoconservés.

Analyse de séquençage d'ARN unicellulaire Nous cataloguerons de manière exhaustive les types de cellules stromales dans le microenvironnement des métastases péritonéales du cancer colorectal en utilisant le séquençage d'ARN unicellulaire (scRNAseq) sur trois échantillons (dont l'un devrait de préférence provenir de l'omentum majus, pour englober laiteux spots) acquis à partir de déchets chirurgicaux de patients subissant une chirurgie de cytoréduction. Après la prélévation des échantillons, les échantillons seront transportés dès que possible pendant qu'ils sont refroidis et immergés dans du PBS à 10 % vers les installations du VIB, où des suspensions de cellules individuelles seront préparées conformément aux protocoles standard. Après la sélection des cellules par FACS (CD45+ et coloration vivante/morte, pour assurer un mélange 50/50 de cellules immunitaires et stromales) et la préparation de la bibliothèque, ScRNASeq sera effectué.

L'analyse de séquençage de cellule unique nous permettra d'identifier des grappes de cellules qui, grâce à l'utilisation de gènes marqueurs, seront attribuées à différentes lignées cellulaires connues. Après annotation des données, un « paysage » de la composition du stroma tumoral sera acquis.