Single-Cell Transcriptomics of the Peritoneal Microenvironment of Colorectal PC (SingleCell)

Forskningsmetodik

Innan patienter inkluderas kommer patienterna att screenas för förekomsten av hepatit B, hepatit C och HIV för att säkerställa forskarnas säkerhet. Under cytoreduktiv kirurgi kommer totalt fem prover av tumörvävnad att tas. Tre av dessa prover kommer att användas för ScRNASeq-analys, och två prover av en makrometastas kommer att snabbfrysas och kryokonserveras.

Encellig RNA-sekvenseringsanalys Vi kommer heltäckande att katalogisera stromacelltyperna i mikromiljön av peritoneala metastaser av kolorektal cancer genom att använda encellig RNA-sekvensering (scRNAseq) på tre prover (varav ett bör helst härröra från omentum majus, för att omfatta mjölkaktigt) prickar) från kirurgiskt avfallsmaterial från patienter som genomgår cytoreduktiv kirurgi. Efter provprelevering kommer proverna att transporteras så snart som möjligt medan de är kylda och nedsänkta i 10 % PBS till VIB-anläggningarna, där encellssuspensioner kommer att göras enligt standardprotokoll. Efter cellurval med FACS (CD45+ och levande/död färg, för att säkerställa en 50/50-blandning av immun- och stromaceller) och biblioteksförberedelser kommer ScRNASeq att utföras.

Encellssekvenseringsanalys kommer att tillåta oss att identifiera cellkluster som genom användning av markörgener kommer att tilldelas olika kända cellinjer. Efter annotering av data kommer ett "landskap" av sammansättningen av tumörstroma att förvärvas.