Thérapie probiotique fondée sur des preuves de l'inconfort gastro-intestinal induit par les inhibiteurs de la pompe à protons et de l'oralisation du microbiome intestinal (EBP)

Avec l'émergence des techniques de séquençage à haut débit, les chercheurs ont obtenu les outils nécessaires pour lancer des investigations approfondies sur la structure et la fonction du microbiome intestinal. Pour la première fois, il a été possible de décrire l'influence de la génétique, de l'environnement, de la nutrition et des maladies sur le microbiome et d'en identifier les principaux déterminants. L'un des facteurs d'influence les plus importants sur la composition du microbiome est l'utilisation d'inhibiteurs de la pompe à protons (IPP), dans la population générale ainsi que dans les maladies chroniques, telles que la cirrhose du foie.

Les inhibiteurs de la pompe à protons sont utilisés pour traiter les maladies liées à l'acide gastrique. Ils réduisent considérablement la sécrétion d'acide gastrique et augmentent ainsi le pH gastrique. La réduction de la production d'acide gastrique, cependant, permet aux bactéries d'origine alimentaire et buccale sensibles à l'acide de passer l'estomac indemnes et de coloniser les parties les plus distales de l'intestin. De plus, l'utilisation d'IPP crée des conditions moins favorables pour les commensaux typiques de l'intestin et réduit la diversité microbienne dans l'intestin. Ces altérations du microbiome peuvent être liées à des effets secondaires des IPP, tels que des symptômes gastro-intestinaux (par exemple, inconfort abdominal, ballonnements, constipation ou diarrhée) et à un risque accru d'infections entérales. Chez les patients atteints de cirrhose du foie, les changements induits par les IPP dans le microbiome, à savoir Streptococcus salivarius et Veillonella parvula - deux bactéries orales, sont liés à l'inflammation intestinale et à la perméabilité intestinale et prédisent un risque plus élevé de complications et une mortalité hépatique plus élevée sur trois ans. Ce sont des risques considérables qui doivent être mis en balance avec les avantages de la thérapie. La réduction de l'utilisation des IPP aux cas avec une indication claire est une mesure importante pour réduire les dommages potentiels du traitement. Cependant, de nombreux patients nécessitent un traitement à long terme, par ex. pour le reflux gastro-oesophagien ou pour prévenir les saignements gastro-intestinaux lorsque des médicaments à haut risque de saignement sont utilisés (tels que les inhibiteurs de l'agrégation thrombocytaire et l'anticoagulation orale). Par conséquent, des stratégies visant à réduire l'oralisation et donc les symptômes et les conséquences négatives des IPP sont nécessaires.

Une possibilité de modifier la composition du microbiome intestinal est l'utilisation de bactéries probiotiques. Les probiotiques sont des micro-organismes vivants dont il a été démontré qu'ils modifient le microbiome intestinal et présentent des effets positifs sur de nombreuses affections gastro-intestinales, renforcent la barrière intestinale et réduisent les paramètres de l'inflammation. Nous avons précédemment montré dans une étude pilote qu'un probiotique multi-espèces était capable d'améliorer les biomarqueurs de la perméabilité intestinale chez les patients sous traitement IPP à long terme ainsi que les symptômes gastro-intestinaux. Cependant, ce produit n'a pas été en mesure d'inverser efficacement l'oralisation. Par conséquent, nous avons mené une série d'expériences, y compris des tests d'inhibition directe et indirecte des agents pathogènes pour identifier les souches probiotiques capables d'inhiber la croissance de Streptococcus salivarius et Veillonella parvula in vitro afin de concevoir un mélange probiotique fondé sur des preuves. Nous avons examiné 43 souches probiotiques certifiées QPS (présomption qualifiée de sécurité, accordée par l'Autorité européenne de sécurité des aliments) et identifié 5 souches comme agents thérapeutiques potentiels pour prévenir/traiter l'oralisation induite par les IPP (données non publiées).