Potencjalne powiązania związane z opieką zdrowotną w przenoszeniu prątków niegruźliczych (pHALT NTM)

Jest to prospektywne, wieloośrodkowe, nierandomizowane badanie mające na celu zbadanie potencjalnych ognisk NTM w sześciu ośrodkach CF Care Centers obecnie włączonych do badania HALT NTM. Zbadane zostaną potencjalne epizody transmisji i/lub nabycia NTM związanej z opieką zdrowotną w uczestniczących ośrodkach opieki w USA, w połączeniu z pobieraniem próbek środowiska opieki zdrowotnej i analizą zlewni domu zamieszkania.

CZĘŚĆ A / Dochodzenie epidemiologiczne:

Colorado NTM Outcome Measure Advancement Core National Resource Centers (CO-NRC) zapewnia krajowe laboratorium referencyjne dla CF NTM. Izolaty układu oddechowego NTM otrzymane z ośrodków opieki CF w całych Stanach Zjednoczonych przechodzą hodowlę, identyfikację molekularną, badanie wrażliwości na środki przeciwdrobnoustrojowe i sekwencjonowanie całego genomu (WGS). Korzystając z tego podejścia, CO-NRC zidentyfikowała skupiska izolatów NTM, zdefiniowanych jako bardzo podobne szczepy na poziomie genomicznym, żywione przez dwie lub więcej osób z mukowiscydozą (pwCF), którymi opiekuje się ten sam CF Care Center. Identyfikacje te zwiększyły nasze obawy dotyczące potencjalnego nabycia NTM związanego z opieką zdrowotną, pochodzącego z przenoszenia z pacjenta na pacjenta lub ze wspólnego źródła środowiskowego w ośrodkach.

Wykorzystując zintegrowane metody badań klinicznych i epidemiologicznych, w macierzystym badaniu HALT NTM opracowano i zweryfikowano zestaw narzędzi do badań epidemiologicznych związanych z opieką zdrowotną, który może identyfikować nakładanie się źródeł opieki między pacjentami z bardzo podobnymi izolatami NTM w ośrodku. Nadrzędny zestaw narzędzi HALT NTM ułatwia etapowy proces, w ramach którego poszczególne ośrodki przeprowadzają ocenę epidemiologiczną pacjentów zidentyfikowanych przez CO-NRC jako zakażonych skupionymi izolatami NTM.

Retrospektywne macierzyste badanie HALT NTM dotyczące potencjalnych ognisk NTM zostało zakończone w sześciu uczestniczących centrach opieki CF. W badaniu pHALT NTM uczestniczące ośrodki będą prospektywnie przesyłać do NJH Advanced Diagnostic Laboratories wszystkie izolaty NTM z układu oddechowego ze wszystkich PwCF otrzymujących rutynową opiekę w okresie dwóch lat. Wszystkie izolaty NTM będą przechowywane w Biobanku w ramach hodowli, biorepozytorium i rdzenia koordynacyjnego NTM (identyfikator projektu: HS3149) i wykorzystywane do celów badawczych. CO-NRC wykorzysta uczciwego brokera do deidentyfikacji izolatów NTM oraz będzie hodować, bankować i ekstrahować DNA. Izolaty CO-NRC pozbawione cech identyfikacyjnych zostaną następnie przeanalizowane zgodnie z wcześniejszym opisem.

Po zidentyfikowaniu wysoce powiązanych klastrów zestaw narzędzi do badań epidemiologicznych HALT NTM zostanie niezależnie wykorzystany przez każde uczestniczące Centrum w celu zidentyfikowania pokrywających się źródeł opieki między pacjentami z wysoce podobnymi izolatami NTM. Ponadto PwCF zidentyfikowane jako zakażone bardzo podobnymi izolatami NTM zostanie poproszone o wypełnienie ankiety online. W ankiecie zostaną podane podstawowe informacje demograficzne badanego, jego interakcje z innymi PwCF oraz dokumentacja, gdzie otrzymuje opiekę związaną z mukowiscydozą.

CZĘŚĆ B / Pobieranie biofilmu pyłu i wody:

Zgrupowane izolaty NTM mogą pochodzić ze wspólnego źródła wody w służbie zdrowia. Biofilmy z kurzu i wody w służbie zdrowia będą zbierane, a NTM odzyskiwane, identyfikowane i sekwencjonowane w celu ustalenia, czy genotyp szczepu CF NTM układu oddechowego jest podobny do genotypu odzyskanego z kurzu i wody w służbie zdrowia.

Część C/Mapowanie działów wodnych w miejscu zamieszkania: Zgrupowane izolaty NTM mogą pochodzić ze wspólnego zaopatrzenia w wodę w domu zamieszkania. PwCF posiadający zgrupowane izolaty NTM zostanie poproszony o wypełnienie ankiety online. W ankiecie osoby badane zostaną poproszone o podanie aktualnego i ostatniego adresu zamieszkania z ostatnich 2 lat. Miejsce zamieszkania dla PwCF zidentyfikowane w klastrach zostanie wyodrębnione i geokodowane do współrzędnych szerokości i długości geograficznej oraz zmapowane do zlewni na poziomie kodu jednostki hydrologicznej w celu ustalenia, czy skupione PwCF mają wspólne źródło zaopatrzenia w wodę w miejscu zamieszkania.