NGS:n käyttö askitesinfektiossa

Maksakirroosi on yleinen vakava krooninen sairaus. Maailmassa on noin 123 miljoonaa maksakirroosipotilasta, ja noin miljoona ihmistä kuolee maksakirroosiin vuosittain. Bakteeriinfektioiden osuus sairaalahoidossa olevista maksakirroosipotilaista on 25–46 %, joista spontaani bakteeriperäinen peritoniitti (SBP) on yleisin infektiotyyppi maksakirroosipotilailla. Varhaisen ja kohtuullisen diagnoosin ja hoidon jälkeen SBP-kirroosipotilaiden kuolleisuutta voidaan vähentää yli 90 %:sta noin 20 %:iin. Siksi nopea ja tarkka diagnoosi auttaa suuresti parantamaan kirroosipotilaiden, joilla on verenpainetauti, ennustetta. Tällä hetkellä perinteiset havaitsemismenetelmät ovat kuitenkin aikaa vieviä ja alhaisella havaitsemisnopeudella, eivätkä ne pysty havaitsemaan solunsisäisiä bakteereja ja joitain muita patogeenejä.

Seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) on suhteellisen uusi havaitsemistekniikka, jolla voidaan havaita nukleiinihapposekvenssitiedot tehokkaalla ja laajamittaisella tavalla. Se pystyy tunnistamaan taudinaiheuttajat kattavasti, nopeasti ja tarkasti. Viime vuosina NGS on vähitellen siirtynyt tutkimustyökalusta diagnostiseen menetelmään. Monet tutkimukset ovat osoittaneet, että NGS:llä on parempi käyttöarvo verenkiertoinfektioissa, silmän infektiosairauksissa, keskushermoston infektiosairauksissa ja hengitystieinfektioissa. NGS:n käytöstä patogeenisten mikro-organismien havaitsemiseen askitesissa on kuitenkin edelleen puutetta. Siksi vertaamalla seuraavan sukupolven sekvenssiä (NGS) ja perinteistä havaitsemistekniikkaa patogeenien havaitsemisessa askitesissa, tässä tutkimuksessa pyrittiin arvioimaan NGS:n arvoa askitesinfektion patogeenisessä diagnoosissa.