Anal intraepitelial neoplasi og anal plateepitelkarsinom

Pasienter, identifisert av kolorektal MDT, blir kontaktet og samtykket til vev- og blodinnsamling på dagen for deres diagnostiske prosedyre; plasma og buffy coat trekkes ut fra EDTA-rørene. En vevsbiopsi utføres i tilknytning til området som prøves for diagnostisering og hurtigfryses i flytende nitrogen. Når diagnosen analkreft er bekreftet, blir FFPE-diagnostisk vev forespurt fra Vevsbanken for studien.

FFPE og de ferskfrosne vevsprøvene skjæres i skiver og legges på objektglass. Fargede objektglass gjennomgås av en konsulterende histopatolog, områder med anal HSIL og SCC er merket.

Alle prøver overføres til ICR. Tumor-DNA og RNA ekstraheres fra vevsprøvene og kimlinje-DNA fra buffy coat av blodprøven.

Eksomsekvensering etterfulgt av bioinformatisk analyse utføres hvor somatiske mutasjoner evalueres for innvirkning på genuttrykk og sammenlignes mellom kimlinje, anal HSIL og SCC prøver. Etter at en kvalitetskontrollprosess er fullført, sammenlignes hele datasettet med kimlinje-DNA-avlesningene, og identifiserer derved somatiske mutasjoner. Kandidatmutasjoner kryssrefereres til slutt med Cancer Genome Census og strenganalyse av relevante mutasjoner utføres for å vurdere kreftfremkallende påvirkning.

Bulk-RNA og målrettet RNA-basert T-cellereseptor (TCR)-sekvensering vil bli utført, med TCR-sekvensering også utført på blodet. Dette vil fastslå hvilke immuncelletyper som er tilstede i SCC vs HSIL (ved transkriptomisk dekonvolusjon), og repertoaret til TCR i perifert blod, HSIL og SCC. Multipleks immunfluorescensteknologi mot distinkte immunpaneler (etablert innenfor CTI), vil ytterligere evaluere SCC- og HSIL-immunmikromiljøene.

Immundataene vil være knyttet til klinisk utfall (både radiologisk og klinisk), etter radikal kjemoradiasjon.