Současná adaptace mezi virem lidské imunodeficience (HIV) a buněčnou imunitou Cluster of Differentiation 8 (CD8) ("ImmunoCo27")

Význam dosud neřešených výzev, které vyvolaly výzkumy zaměřené na vymýcení rezervoárů HIV a potřeba vyvinout účinné vakcíny proti HIV, vyžaduje mnohem hlubší pochopení molekulárních mechanismů regulujících koevoluci a koadaptaci mezi HIV a jeho hostitele během přirozeného průběhu onemocnění a během léčby. Unikátní sbírka buněk založená před 27 lety v kohortě ANRS (ImmunoCo) a nové metody ultra hlubokého sekvenování neboli „sekvenování nové generace“ umožňují produkovat inovativní analýzu variability HIV a rezervoárů a také používaných repertoárů. reakcemi CD8 T buněk, aby poskytly nový pohled na velmi dlouhodobé vztahy mezi virem a jeho hostitelem. Cílem je pokročit na bezprecedentní úrovni v chápání těchto mechanismů díky jedinečné příležitosti, kterou nabízí tato kohorta Immunoco původně složená ze 152 pacientů infikovaných HIV, z nichž většina nebyla léčena, když byli přijati v letech 1991 až 97 v nemocnici Pitié-Salpêtrière. V této nemocnici stále sledovalo a za posledních 15 let účinně léčilo 28 subjektů. Kohorta ImmunoCo byla původně vytvořena pro studium charakteristik cytotoxických T lymfocytů (CTL) odpovědí na HIV s progresí onemocnění. Tato výjimečná a stále dostupná sbírka buněk 1991-97 obohacená o další vzorky od roku 1988 do současnosti nám umožňuje provést retrospektivní longitudinální analýzu v průběhu 27 let u 28 stále sledovaných pacientů s novým odběrem krve v roce 2016. Projekt zahrnuje 5 vysoce zkušených týmů a jeho cílem je paralelně charakterizovat: 1) virovou evoluci a virové faktory určující virulenci, jako markery predikující progresi infekce, provedením ultra hlubokého sekvenování celého genomu HIV a virových variant archivovaných v krvi mononukleární buňky (PBMC) a 2) vývoj rezervoáru v PBMC a distribuce variant archivovaných v těchto rezervoárech v průběhu času ve vztahu k vystavení různým selektivním tlakům v důsledku CTL nebo antiretrovirové terapie (ART), 3) koevoluce anti-HIV CD8 T buněčných repertoárů: hypotéza je, že vznik nových CD8 T klonotypů vykazujících velkou citlivost na variantní antigeny nebo zkříženou reaktivitu, která je schopna rozpoznat podobně divoké a mutantní epitopy, umožňuje efektivní dlouhodobá kontrola virové replikace a že ztráta buněk klonálním vyčerpáním je spojena s progresí onemocnění. Koordinovaná studie evoluce viru, reakcí hostitele a identifikace genetických determinant virulence by měla umožnit lépe porozumět mechanismům patogenity HIV a perzistenci mutací ve virových rezervoárech, zejména defektních mutantů nebo mutantů rezistentních na ART, jakož i koadaptaci CD8 T buněčných repertoárů a virové variability určující kapacity virové kontroly anti-HIV CD8 T buňkami. Celkově by tyto výsledky měly otevřít nové strategie pro inhibici virové replikace a pro kontrolu virových rezervoárů pro terapeutické a vakcinační perspektivy.