Geneettinen testaus nuorilla aikuisilla, joilla on syöpätutkimus (Gen-Y)

Tutkijat suorittavat satunnaistetun kokeen nuorilla aikuisilla (YA) syöpäpotilailla testatakseen tiukasti hypoteesia, jonka mukaan universaali testaus tunnistaa monet YA-potilaat, joilla on ituradan syöpäriskiä ja jotka jäisivät huomioimatta tavanomaisissa testausstrategioissa, parantaakseen riskinvähentämistoimenpiteiden noudattamista. syöpäalttius ja lisätä varmuutta näiden potilaiden sukulaisten keskuudessa, joilla on lisääntynyt geneettinen riski. Satunnaistetun kokeen ensisijainen tulos on todennäköisyyksien selvittäminen, mutta kumppanitutkimuksessa tutkijat selvittävät myös yleisen testauksen lisähyötysuhdetta sukulaisten riskien toteamiseen.

Suostumuspotilaat satunnaistetaan välittömästi käyttämällä tietokoneella luotua satunnaistusalgoritmia, jossa käytetään permutoituja muuttuvia lohkokokoja ja piilotettua sekvenssiä. Satunnaistaminen ositetaan sukupuolen, National Comprehensive Cancer Network/American College of Medical Genetics and Genomics (NCCN/ACMG) -lähetteen kriteerien (täyttää/ei täytä) ja sairaalan (eli HUP vs. muut Penn Medicinen sairaalat) mukaan. Huomaa, että sairaaloiden välisistä demografisista eroista johtuen tutkijat käyttävät sairaalatyyppiä rodun/etnisen alkuperän sijaisarvona, joten he eivät kerro sitä erikseen. Satunnaistaminen tapahtuu suhteessa 2:1 (kokeellinen: kontrolli).

Potilaiden ilmoittautuminen geneettiseen testaukseen valmistuu ensimmäisen 12 kuukauden aikana. Jos potilaat saavat patogeenisen tai todennäköisen patogeenisen tuloksen, heitä seurataan enintään viiden vuoden ajan kliinisen päätöksentuen vaikutuksen arvioimiseksi. Rekrytointi päättyy, kun noin 1238 koehenkilöä on ilmoittautunut. Koehenkilöt rekrytoidaan viidestä Penn Medicinen toimipisteestä, mukaan lukien Pennsylvanian yliopiston sairaala (HUP), Penn Presbyterian Medical Center (PPMC), Pennsylvania Hospital (PAH), Chester County Hospital (CCH) ja Lancaster General Hospital (LGH).

Potilaat, joille on ilmoitettu kelpoisuusstatuksestaan ​​ja osoittavat kiinnostusta tutkimukseen osallistumiseen, ohjataan koulutussivustolle, joka käsittelee perinnöllistä syöpäriskiä ja geneettisen testauksen vaikutuksia potilaisiin ja perheenjäseniin. Heille annetaan myös tietoa tutkimuksesta. Jos potilaat haluavat suostumuksensa koulutusmoduulin katsomisen jälkeen, potilaat lähetetään automaattisesti REDCapille, jossa he myös suorittavat suostumuksensa jälkeen lyhyen kyselyn saadakseen väestö- ja sukuhistoriatietoja. Potilailla on myös mahdollisuus tarkastella tietoja, antaa suostumuksensa ja täydentää sosiodemografisia ja sukuhistoriatietoja paperilomakkeilla.

Allekirjoitetun tietoon perustuvan suostumuksen antamisen ja korkean/matalan riskin määrittämisen (perustuu ACMG/NCCN:n ohjeisiin ja joko tutkimuksen koordinaattorin tai kliinisen geneettisen neuvonantajan määräämäksi edellä kuvatulla tavalla) potilaat satunnaistetaan suhteessa 2:1 (kokeellinen: vertailu) toiseen kahdesta tutkimushaarasta, jotka on ositettu sukupuolen mukaan ja jotka täyttävät NCCN/ACMG-kriteerit ja sairaalatyypin (HUP vs. muut). Opintoihin ilmoittautuneita rohkaistaan ​​rekisteröitymään käyttämään paikallista potilasportaaliaan, jos he eivät ole vielä tehneet niin, jotta he saavat tutkimusviestintää, terveystietoja ja terveydenhuoltoilmoituksia.

Fenotyyppipohjaiseen (standardi) ryhmään satunnaistettujen potilaiden hoito riippuu siitä, onko heillä todettu olevan suuri vai pieni riski saada geneettinen taipumus. Potilaat, jotka eivät täytä korkean riskin kriteerejä, saavat rutiininomaista kliinistä hoitoa (eli ei tutkimukseen kohdistettua lähetettä geneettiselle neuvonantajalle). Potilaat, jotka täyttävät korkean riskin kriteerit, ohjataan heidän hoitavan Penn Medicine -laitoksen geneettisen neuvonantajan puoleen tavanomaista syövän geneettistä arviointia ja testausta varten geneettisen ohjaajan suositusten ja potilaan mieltymysten perusteella. Tämän ryhmän osallistujia, jotka saavat geneettistä testausta, seurataan ja tulokset syötetään manuaalisesti tutkimustietokantaan, vaikka jos heidät testataan Ambry Geneticsissä (yleisen testauksen interventiohaarassa käytetty laboratorio), positiiviset tulokset tuodaan suoraan PennChart (tutkijoiden paikallinen Epic-instanssi) suojatun käyttöliittymän kautta, joka on jo rakennettu ja toimii.

Potilaat, jotka on satunnaistettu yleiseen testausryhmään, toimittavat joko sylki- tai verinäytettä Ambry Geneticsin suorittaman laajan syöpäriskin geenipaneelin sekvensointia varten. Geneettisten testien tulokset siirtyvät suoraan PennChartiin Ambrysta suojatun käyttöliittymän (HL7) kautta. NCCN/ACMG-kriteerien mukaan riskialttiiksi tunnistetut potilaat ohjataan hoitolaitoksensa geneettisen neuvonantajan puoleen, jota pyydetään testaamaan Ambryn laajan syöpäriskin geenipaneelin avulla tavallisten kliinisten testien sijaan. Jos he eivät seuraa kliinisiä testejä, kuten edellä on kuvattu, tutkimusryhmä testaa heidät käyttämällä postitse lähetettyjä geenitestaussarjoja (jossa on Ambry Geneticsille maksetut ennakkomaksut). Potilaille, joiden riski on havaittu olevan alhainen, suoritetaan testit käyttämällä Ambryn laajan syöpäriskin geenipaneelia postitettujen geneettisten testauspakkausten kautta (kuten yllä).

Geenineuvojan näkemille osallistujille heidän hoitotiiminsä paljastaa tulokset. Osallistujille, jotka ilmoittautuvat etänä, ilmoitetaan, että heidän tulokset ovat saatavilla heidän haluamallaan tavalla (potilasportaali, sähköposti tai sähköposti). Potilaille, joiden tulos on negatiivinen, tulos toimitetaan ensisijaisella menetelmällä ja heille annetaan mahdollisuus keskustella geneettisen neuvonantajan kanssa. Niille potilaille, joilla on positiivinen tulos, joko tutkimus tai heidän kliinisen geneettisen neuvonantajansa tai lääkäri toimittaa tulokset puhelimitse. Ambryssa testattujen potilaiden tulokset tuodaan suoraan kaavioihinsa HL7:n kautta; tulosten julkaiseminen MyPennMedicinen (MPM) kautta tapahtuu vasta, kun geneettinen neuvonantaja tai lääkäri on puhunut potilaan kanssa (manuaalinen vapauttaminen).

Osana tätä tutkimusta tehdään geneettisiä testejä geenien muunnelmille, joiden tiedetään liittyvän lisääntyneeseen syöpäriskiin. On kuitenkin mahdollista, että tutkijat eivät tiedä kaikkia tällaisia ​​geenejä, ja tutkijat ovat kiinnostuneita tutkimuksista, jotka voivat auttaa niiden tunnistamisessa tulevaisuudessa. Valinnaisena osana tutkimusta tutkijat pyytävät osallistujilta suostumusta DNA-näytteensä käyttämiseen syövän ja muiden sairauksien kehittymisen ymmärtämiseksi. Mahdolliseen tulevaan tutkimukseen voi sisältyä muuta tutkimusta, joka koskee perinnöllistä syöpäriskiä tai DNA:n ja lääketieteellisten tulosten välistä yhteyttä, mukaan lukien hoitovasteet tai panokset muihin sairaustutkimuksiin. Jotkut tutkimukset voivat sisältää koko genomin sekvensoinnin, menetelmän, joka määrittää henkilön DNA:n tarkan sekvenssin. Osallistujat voivat kieltäytyä osallistumasta tähän tutkimuksen osa-alueeseen ja käyttää vain näytteitään päätutkimuksessa.

Tukikelpoiset osallistujat tunnistetaan jommallakummalla kahdesta mekanismista. Suurin osa tunnistetaan sähköisen sairauskertomusjärjestelmän (EHR) kautta, joka Penn Medicinessä on Epic, ja ohjataan suoraan tutkimusryhmälle Epic-rekisterin kautta. Tutkimuskoordinaattori seuloa osallistujat opintokelpoisuuden määrittämiseksi ja varmistaa, etteivät he täytä mitään tutkimuksen poissulkemiskriteereistä EHR:n sisältämien tietojen perusteella.

Vaihtoehtoisesti jotkin kelvolliset osallistujat tunnistetaan, kun he näkevät geneettisen neuvonantajan jossakin Penn Medicinen syöpägenetiikan käytännöistä, ja heidän paikallisen geneettisen neuvonantajansa rekrytoi heidät välittömästi satunnaistamalla. Tällaisia ​​potilaita ovat esimerkiksi potilaat, jotka on saatava nopeammin kuin Epic-rekisterin kautta (esim. rintasyöpään osallistuneet ennen leikkausta). Potilaat, joilla on jo varattu aika syöpägenetiikkaan, kun Epic-rekisteri hakee heidät, rekrytoidaan geneettisten ohjaajiensa kautta.

Osallistujat, jotka eivät täytä NCCN/ACMG-ohjeita geneettisen neuvonantajan vastaanotolle, saavat rutiininomaista kliinistä hoitoa, joka ei sisällä geneettisen neuvonantajan käyntiä tai syöpäalttiuden geneettistä testausta. Osallistujat, jotka täyttävät NCCN/ACMG-ohjeet, ohjataan hoitolaitoksensa geneettisen neuvonantajan puoleen. Geenitesti määrätään geenineuvojan kliinisen suosituksen ja potilaan mieltymysten perusteella. Tämän käsivarren osallistujia, jotka saavat geneettistä testausta, seurataan ja tulokset syötetään manuaalisesti tutkimustietokantaan, vaikka jos heidät testataan Ambry Geneticsissä, positiiviset tulokset voidaan tuoda suoraan PennChartiin (paikallinen Epic-esineemme) suojatun käyttöliittymän kautta. .

Universaaliin testausryhmään satunnaistetut osallistujat testaavat geneettistä laajaa syöpäriskigeenipaneelia Ambry Geneticsin kautta. Osallistujilta otetaan sylkinäytteet. Pienen riskin potilaille sekä korkean riskin potilaille, jotka kieltäytyvät geneettisen neuvonantajan (GC) vierailuista, tutkimuskoordinaattorit (RC) lähettävät postitse sylkipakkauksen sekä Ambry Geneticsille osoitetun prepaid-postituksen ja täytetyn testauspyyntölomakkeen, osallistujalle.

Tilaukset tehdään PennChartissa ja linkitetään suoraan Ambry Geneticsin sovellusohjelmointiliittymään (API). Tämä toiminto on jo rakennettu ja otettu käyttöön PennChartissa. Molemmissa käsissä Ambryn kliiniset raportit muunnelmatulkinnat mukaan lukien tuodaan suoraan PennChartiin. GC:n näkemien osallistujien tulokset palautetaan kyseiseltä hoitoryhmältä. Osallistujille, jotka suostuvat etänä, kerrotaan etukäteen, että heille ilmoitetaan haluamallaan tavalla (potilasportaali, posti, sähköposti) geneettisten tulosten saatavuudesta. Negatiiviset tulokset saadaan tällä menetelmällä, ja GC-käynti on mahdollista pyynnöstä. Osallistujille, joiden tulokset ovat patogeeniset/todennäköisesti patogeeniset tai epävarman merkityksen variantit (P/LP tai VUS), ilmoitetaan, että tulokset ovat saatavilla ja palautetaan puhelimitse tutkimuksen geneettisen neuvonantajan tai hänen kliinisen geneettisen neuvonantajansa toimesta. VUS-tulokset palautetaan testatuille potilaille asianmukaisin varoin.

Geneettisen riskin määrittäminen 1. asteen aikuisten sukulaisten keskuudessa: Tässä osassa tutkimusta tutkitaan eroja geneettisen riskin määrittämisessä 1. asteen aikuisten sukulaisten keskuudessa yleiseen testausryhmään kuuluvien potilaiden välillä verrattuna fenotyyppiin kohdistettuun haaraan yhdistelmän jälkeen. lähetteen ja suoran kliinisen ja/tai tutkimusryhmän lähetteen. Tutkijat olettavat, että testaamalla kaikkia nuoria aikuisia potilaita, joilla on kiinteitä kasvaimia kattavalla ituradan syövän riskipaneelilla sen sijaan, että noudatettaisiin tavanomaista, ohjeisiin kohdistettua lähestymistapaa syöpäpotilaiden ituradan geneettiseen testaukseen, tutkijat tunnistavat suuremman osuuden heidän 1. asteen sukulaisten lisääntyneen geneettisen syövän riskin.