Associação entre a composição da microbiota intestinal e a resposta tumoral no câncer retal localmente avançado (Neo-Flo-Rect)

Objetivo principal: O objetivo principal é testar a associação entre:

• a microbiota intestinal avaliada a partir de uma amostra de fezes antes do início do tratamento neoadjuvante dos pacientes (T0), por um lado, e
• resposta histológica completa avaliada na peça de ressecção cirúrgica em pacientes com tumores retais em estágio II e III comprovados histologicamente, tratados com quimioterapia neoadjuvante seguida ou não de radioquimioterapia Cap50 antes da cirurgia.

Endpoint primário: O endpoint primário será a resposta histológica completa avaliada na peça cirúrgica após o regime de terapia neoadjuvante. Esta avaliação será realizada de acordo com os padrões usuais e cega para qualquer informação sobre a microbiota intestinal e sobre o conteúdo de ácidos graxos de cadeia curta e derivados de triptofano.

Objetivos secundários:

• Explorar o perfil da composição da microbiota intestinal e do conteúdo de ácidos graxos de cadeia curta nos dois grupos de pacientes (resposta histológica completa ou não), avaliados antes de qualquer tratamento (T0).
• Avaliar as alterações na composição da flora intestinal e no conteúdo de ácidos graxos de cadeia curta após tratamento com quimioterapia de indução (T1), depois radioquimioterapia pré-operatória (T2), se aplicável, por comparação da amostra pré-operatória com a amostra inicial (T0) .
• Avalie a associação entre essas alterações taxonômicas e metabólicas (T1-T0, T2-T0) por um lado e a resposta histológica por outro.
• Avaliar a associação entre o perfil da composição da microbiota intestinal e o conteúdo de ácidos graxos de cadeia curta, bem como de calprotectina (um marcador não invasivo confiável e sensível de inflamação intestinal) avaliado antes de qualquer tratamento (T0) no por um lado, e a ocorrência de toxicidade durante o tratamento, em particular toxicidade digestiva.

Pontos de extremidade secundários:

• Porcentagem de diferentes bactérias ou famílias de bactérias (abundância) como Ruminococcaceae na flora intestinal e dosagem de ácidos graxos de cadeia curta;
• Curvas de rarefação;
• Indicadores taxonômicos;
• Índices de diversidade alfa e beta da composição da microbiota;
• Determinação de calprotectina por ELISA em amostra de fezes.
• Toxicidade avaliada pela coleta de eventos adversos durante o tratamento com FOLFIRINOX e para alguns pacientes durante a radioquimioterapia, classificados de acordo com a escala NCI CTCAE v5 e classificados de acordo com o dicionário MEDDRA;