Effetti dell'acido gastrico sul microbioma del colon

Il microbioma del colon è essenziale per la salute e la malattia umana. La diarrea associata a Clostridium difficile (CDAD), una forma altamente morbosa di diarrea infettiva, è causata da antibiotici che perturbano il microbioma e consentono a C. difficile di proliferare. Gli inibitori della pompa protonica (PPI) sono potenti soppressori dell'acido gastrico e tra i farmaci più comuni negli Stati Uniti. Dozzine di studi osservazionali mostrano che l'uso a lungo termine di PPI è associato a CDAD. Tuttavia, il meccanismo con cui gli IPP causano CDAD è sconosciuto. Riteniamo che gli IPP causino CDAD inducendo alterazioni nel microbioma del colon umano. Confermeremo o confuteremo il meccanismo ipotizzato per l'associazione tra PPI e CDAD utilizzando un disegno di studio a braccio singolo senza cieco. Useremo il pirosequenziamento della regione ipervariabile V4 del gene della subunità ribosomiale batterica 16S in campioni fecali umani per descrivere la flora del colon. Raccoglieremo campioni fecali da volontari prima e dopo gli IPP somministrati per durate diverse e testeremo il microbioma per determinare 1) se gli IPP diminuiscono la diversità complessiva, 2) se gli IPP diminuiscono l'abbondanza relativa di Bacteroidetes, 3) se l'aumento della durata degli IPP influisce sulla diversità e 4) se c'è recupero della diversità dopo aver completato un corso definito di PPI. Riteniamo che gli IPP causeranno un modello di ridotta diversità complessiva del microbioma e riduzione degli anaerobi, lo stesso modello osservato dopo l'uso di antibiotici. Inoltre, riteniamo che una maggiore durata del PPI ridurrà ulteriormente la diversità e che il microbioma tornerà ai livelli di diversità pre-PPI dopo che i PPI saranno stati interrotti. Questi risultati faciliteranno gli interventi clinici su base biologica per ridurre i tassi di CDAD tra i pazienti che richiedono la soppressione acida.